Herbier de Strasbourg

Synthèse des entretiens

Dr Michel Hoff, conservateur de l’Herbier, maître de conférence à la faculté des Sciences de la Vie de l’université de Strasbourg (entretien le 08 avril 2016)

Rachel Blessig, responsable administrative et financière à la faculté des Sciences de la Vie (entretien le 08 avril 2016)

Dr Jean-Luc Evrard, directeur adjoint exécutif de l’Institut de Biologie Moléculaire des Plantes - UPR2357 (IBMP), responsable scientifique de la plateforme BioImage BioInformatique (entretien le 13 mai 2016)

Dr Gisèle Haan-Archipoff, maître de conférences en botanique et mycologie à la faculté de Pharmacie de l’université de Strasbourg (entretien le 24 mai 2016)

En annexe : document remis par Michel Hoff détaillant les bases de données de l’Herbier

Les herbiers

L’unité de base de l’herbier est l’échantillon. Chaque échantillon de plante est attaché sur une feuille de papier cartonné et accompagné d’une étiquette indiquant le nom et l’espèce de la plante, le nom du récolteur et de la collection, la date, le numéro et le lieu de la récolte, l’altitude, etc. Lors de la révision des planches, on colle une seconde étiquette sur la planche avec des informations supplémentaires (coordonnées GPS, famille de plantes, pays, région, …). Un type est un spécimen de plante qui sert à décrire un nouveau taxon (espèce, sous-espèce, variété). L’holotype est le spécimen de référence et l’isotype est un double de la même collection que l’holotype.

L’herbier de l’université de Strasbourg

L’Herbier de l’Université de Strasbourg rassemble environ 550 000 spécimens provenant du monde entier. Il a été constitué par des apports successifs de collections régionales (Alsace, Lorraine, Franche-Comté, nord de la Suisse et sud-ouest de l’Allemagne), de collections d’origine française – métropole et anciennes colonies (jusqu’en 1870 et après 1919), par d’importantes collections d’origine allemande (entre 1871 et 1918) et par l’achat de centuries (cryptogames) . Il est composé notamment de :

* L’herbier général qui regroupe plus de 150 000 spécimens du monde entier (Amérique, Afrique, Océanie, Asie, Europe orientale, etc.), avec une richesse particulière pour les Balkans, le Proche-Orient et l’Amérique.
* L’herbier d’Alsace qui rassemble environ 80 000 spécimens de plantes régionales ainsi que des spécimens des régions voisines du Franche-Comté, de Lorraine, du Palatinat, du Pays de Bade et du Jura suisse. Il est en cours de récolement et de reclassement par ordre alphabétique des familles, genres et espèces. La nomenclature utilisée est celle de M. Kerguélen, avec les mises à jour de Tela-botanica ainsi que les travaux propres à l'herbier de Strasbourg.

Les types présents dans l’Herbier d’Alsace vont être numérisés dans le cadre du projet E-ReColNat.

Projet E-ReColNat

ReColNat est une TGIR constituée par les collections naturalistes françaises de plusieurs dizaines établissements et institutions. E-ReColNat est la partie informatique de ReColNat. Le projet E-ReColNat (2012-2016) est l’un des 11 lauréats de l’appel à projets “Infrastructures Nationales en Biologie et Santé” du programme d’Investissements d’Avenir. Coordonné par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) en partenariat avec l’Université Montpellier 2, le PRES Clermont-Université, l’Université de Bourgogne, l’IRD, l’INRA, le CNAM, Tela Botanica et Agoralogie, E-ReColNat a pour objectif de réunir l’ensemble des données des collections françaises d’histoire naturelle sur une même plateforme informatique, au service de la recherche et de l'expertise sur la biodiversité.

Le projet comporte trois volets :

Numérisation massive des données

Traitement des données via une plateforme de crowdsourcing

Création d’un portail d’accès aux spécimens (demande de prêt, de consultation)

La faculté des Sciences de la Vie de l’université de Strasbourg et le MNHN ont établi une convention pour encadrer la numérisation de 30 000 à 40 000 planches de l’Herbier d’Alsace. La faculté bénéficie d’un crédit IDEX pour préparer ces planches (novembre 2015 - juin 2016). La préparation comprend l’attachage des échantillons sur les planches pour faciliter la numérisation et ne perdre ni l’étiquette, ni la plante et la congélation des liasses de planches afin d’éliminer insectes et champignons. Les planches sont numérisées en 300 dpi.

Le MNHN utilise l’interface JACIM développée en interne, pour saisir et consulter les bases de données. Le moteur de recherche est multidisciplinaire (botanique, zoologie, etc.) ; les champs de recherche représentent le plus petit dénominateur commun aux différentes disciplines.

Les Herbonautes

C’est le projet de redocumentation citoyenne des herbiers porté par le MNHN. La plateforme de crowdsourcing permet aux internautes de compléter la saisie des informations présentes sur l’étiquette de chaque planche numérisée. La saisie est ensuite validée ou corrigée par une équipe d’experts en botanique dont fait partie Michel Hoff.

Tela Botanica

Le réseau Tela Botanica contribue au rapprochement de tous les botanistes de langue française dans une éthique de partage des connaissances et de respect de l’homme et de la nature. Sa vocation est de favoriser l'échange d'informations, d'animer des projets grâce aux nouvelles technologies de la communication et de produire des données libres de droit au service de l'ensemble des botanistes.

Les bases de données

La base de données Herbier

L’informatisation des herbiers a débuté en 1997. Plus de 90 000 spécimens sont enregistrés (informations textuelles). La base de données est disponible offline sur le poste de Michel Hoff, qui gère la base avec DBase / Foxpro pour faire des requêtes sophistiquées. Elle pose des problèmes de compatibilité avec celle du MNHN : Bérenger Dulac, informaticien au MNHN, ne peut pas l’intégrer pour le moment.

Besoins exprimés :

Création d’un moteur de recherche pour interroger la base.

La base de données Collecteurs/botanistes

Cet inventaire présente les collecteurs et les collections, des informations d’ordre biographique, les principales dates et lieux de collecte des spécimens déposés à Strasbourg et leur appartenance à des associations et à des sociétés de botanique.

La base est administrée avec DBase /FoxPro, comporte environ 3000 collecteurs et botanistes de la ville de Strasbourg. Le site de Harvard ne présente qu’une liste incomplète des collecteurs de l’herbier général (1232 collecteurs ne sont pas cités). La liste est disponible en ligne (non interrogeable).

Besoins exprimés :

Création d’un moteur de recherche pour interroger cette base avec des champs tels que la localité, la date, la spécialité. Ces champs sont absents du site de Harvard.

La base de données ANTHOS

Le projet ANTHoS (Annotation Toolkit for Herbarium Specimens) permet la visualisation des planches d'herbier numérisées à très haute résolution, et rend accessible des collections accumulées depuis plus de 300 ans, et, jusque-là inconnues du public. La numérisation assure la préservation physique des collections, en évitant manipulations et envois des spécimens, tout en assurant le partage de celles-ci, via le web. La haute résolution et le traitement spécifique des images du système Anthos permettent l'examen détaillé et aisé des spécimens ainsi que leur annotation. La base de données associée offre de multiples possibilités de recherche.

Le projet ANTHoScan a fourni un scanner inversé permettant de traiter des planches d'herbier fragiles . La base de données ANTHOS, hébergée par l’IBMP, n’a pas de liaison directe avec celle de l’Herbier. Le projet a été développé par l’IBMP et Gisèle Haan-Archipoff grâce à un financement du CNRS.

La base de données ANTHOS est consultable sur le web via le navigateur. Elle est conçue sur le principe de Google Earth : on navigue sur l’image d’une planche comme sur une carte géographique avec la possibilité de créer une URL pointant sur une zone spécifique de l’image. La base de données est alimentée par Gisèle Haan-Archipoff. Les types sont numérisées avec une résolution allant de 600 à 2400 dpi. Les fichiers pèsent environ 200 mo chacun.

Besoins exprimés :

Le site web devrait être modernisé et mis en relation avec les bases de données de l’Herbier, tout en gardant l’aspect collaboratif. De plus, l’IBMP ne pense pas être le porteur de projet le plus indiqué pour poursuivre la gestion de la base et souhaite passer la main à l’université.

La base de données Etiquettes

C’est un référentiel unique en Europe des autographes des collecteurs. Plus de 5000 étiquettes de l’herbier sont recensées à l’heure actuelle. La base de données, offline, ne comporte pour le moment que deux champs : le nom du collecteur/botaniste et une photographie de l’étiquette. Elle permet de comparer les graphies pour un même nom et d’attribuer correctement une planche à son collecteur.

Projet :

Projet de base de données d’étiquettes de collecteurs en collaboration avec l’OCIM (office de coopération et d’informations muséales).

Besoins exprimés :

Associer les fiches Etiquettes au site des Herbonautes, au moment de la discussion, afin que la base Etiquettes devienne la référence. La base de données des autographes associée à la plateforme pourrait faciliter l’identification des collecteurs.

Relier la base Etiquettes à la base de données Collecteurs.

La base de données Paysages d’Alsace

Cette base recueille des scans d’images de localités, issues de livres tombés dans le domaine public. Les images, datant de 1820 à 1950, sont accompagnées d’une liste d’échantillons de plantes récoltées sur les lieux.

Projet :

Le projet, qui pourrait être financé par l’Eurométropole via le Jardin des Sciences, serait de mettre la partie de la base concernant l’Eurométropole en lien avec le site de celle-ci. Besoins exprimés :

Ajouter une cartographie interactive.

La base de données Collections

L’herbier général comporte plusieurs collections d’herbiers. Dans le cadre du recensement de l’herbier général, Michel Hoff effectue une reprise de toutes les collections pour estimer le nombre d’échantillons. L’inventaire des herbiers du Grand Est est réalisé en collaboration avec les Jardins botaniques du Grand Nancy et de l’université de Lorraine (herbier conjoint ville et université de Nancy).

L’inventaire des collections alsaciennes a été réalisé par Michel Hoff dans le cadre d’une mission d’un an (2015-2016) financée par Tela Botanica en collaboration avec E-ReColNat. L’association encadre le recensement de tous les herbiers français et offre sur son site une plateforme de saisie et de consultation des données.

Besoins exprimés :

Création d’un moteur de recherche permettant une interrogation plus complète de la base que sur le site de Tela Botanica et mise en relation avec les bases Collecteurs et Etiquettes.

Priorités :

Pérennisation des données saisies et numérisées par une sauvegarde sur les serveurs de l’université

Valorisation de l’Herbier par la mise en relation des différentes bases de données développées autour de l’Herbier de Strasbourg